Universitas Negeri Manado (Unima) didirikan pada tahun 1955 dengan nama Perguruan Tinggi Pendidikan Guru (PTPG) Tondano, berdasarkan SK Menteri Pendidikan, Pengajaran, dan Kebudayaan RI No. 24511/Kab/1955 tanggal 22 September 1955. Saat itu terdapat 17 jurusan, termasuk empat jurusan IPA: Ilmu Pasti, Ilmu Alam, Ilmu Kimia, dan Biologi. Pada tahun 1956, PTPG Tondano berubah menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) yang tergabung dalam Universitas Hasanuddin (UNHAS) dan berkedudukan di Tondano. Tahun 1958, FKIP UNHAS dipindahkan ke Manado. Jurusan IPA yang masih aktif saat itu adalah Ilmu Hayat dan Ilmu Pasti.

Perjalanan institusi ini terus berlanjut:

• Tahun 1961, berubah menjadi FKIP SULUTENG di Manado.

• Tahun 1963, menjadi IKIP Yogyakarta cabang Manado.

• Tahun 1965, ditetapkan sebagai IKIP Negeri Manado yang berdiri sendiri, dengan lima fakultas, salah satunya adalah Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta (FKIE).

FKIE terus mengalami perkembangan dengan beberapa kali pergantian pimpinan. Pada 1982–1983, berdasarkan Keppres No. 71 Tahun 1982 dan Keputusan Mendikbud No. 0157/O/1983, FKIE berubah menjadi Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FPMIPA). FPMIPA terus berkembang, dengan sejumlah pergantian dekan dan pembantu dekan di berbagai periode:

• Tahun 1992, kampus IKIP Negeri Manado dipindahkan ke Tonsaru (Tondano), Kabupaten Minahasa.

• Tahun 1996–2000, FPMIPA dipimpin oleh Dr. M.J. Rampengan, M.Pd.

• Tahun 2000, IKIP Negeri Manado resmi menjadi Universitas Negeri Manado (Unima) melalui SK Presiden RI No. 127 Tahun 2000, dan FPMIPA berubah nama menjadi FMIPA.

FMIPA terus berkembang dengan berbagai perubahan struktur pimpinan, penambahan pejabat Pembantu Dekan IV, serta penguatan program-program akademik. Pada 2022, berdasarkan Permendikbudristek RI No. 17 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unima, nama fakultas berubah menjadi Fakultas Matematika, Ilmu Pengetahuan Alam, dan Kebumian (FMIPAK). Istilah Pembantu Dekan pun diganti menjadi Wakil Dekan.

Hingga saat ini (2025), FMIPAK dipimpin oleh:

• Dekan: Prof. Dr. Mokosuli Yermia Semuel, M.Si.

• Wakil Dekan Bidang Akademik: Mercy M. F. Rampengan, S.Pi, M.App.Sc, Ph.D.

• Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan dan Alumni: Dr. Nova L. I. M. Ogi, M.Si.

Saat ini, FMIPAK Unima membina 5 Jurusan: Matematika, Biologi, Fisika, Kimia, dan Pendidikan IPA.